[2016/9/29追記]ただし、この設定をすると実機での実行の際にNSLogの出力がされなくなるという事なので注意してください。
Xcodeのメニューから[Product]-[Scheme]-[Edit Scheme]を選択する。
Environment Variablesに"OS_ACTIVITY_MODE"のキーを追加。値を"disable"にする。
現在は修正済の模様
[2017/1/9追記]
Xcode 8.1でこの問題は修正されたようなので、上記の設定をしている場合は元に戻しておくのがよさそう。
Xcode Release Notes
Xcode Debug Console no longer shows extra logging from system frameworks when debugging applications in the Simulator. (26652255, 27331147)